阿巴嘎旗蒙医医院成立于1989年,占地总面积8636平方米,建筑总面积6213平方米,编制床位100张,实际开放床位60张。 全院现有在职工78人,其中正式职工27人,借调11人,同工同酬4人,临时工41人(其中:97届中专技校毕业生2人,公益性岗位26人,院聘人员9人)。全院卫生专业技术人员67人,全院现有主任职称3人,副主任职称14人,中级职称13人,初级职称10人。内设综合内科、传统疗术科、心身医学科、康复科、治未病科、检验科、放射科、B超室、心电图室、护理部、药械科等科室。重点专科为传统疗术科和综合内科。
蒙医医院开展蒙医传统疗法:拔罐、放血疗法、灸疗、火疗、按摩、蜡疗、温针、热盐疗法、策格疗法、整骨疗法、震脑术、熏蒸疗法、冷拔疗法、色布苏疗法、药浴、牛角拔罐等疗法。